隨著科學技術的進步，巴氏殺菌方法被廣泛使用，而且現在產生了各種各樣的巴氏殺菌法，比如，低溫處理法、高溫處理法、微生物法等。
“低溫長時間”處理是一個間歇過程，只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。“高溫短時間”處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。 “快速巴氏殺菌”主要應用于生產酸奶乳制品。目前上通用的巴氏高溫消毒法主要有兩種：一種是將牛奶加熱到62到65攝氏度，保持30分鐘；另一種是第二種方法是利用巴氏殺菌法將牛奶加熱到75到90攝氏度，保溫15秒。
巴氏殺菌機應用于牛奶的滅菌，既可殺死對健康有害的病原菌又可使乳質盡量少發生變化。也就是根據對耐高溫性*的結核菌熱致死曲線和乳質中zui易受熱影響的奶油分離性熱破壞曲線的差異原理，在低溫下長時間或高溫下短時間進行加熱處理的一種方法。其中，在60℃以下加熱30分鐘的方式，作為低溫滅菌的標準，早為世界廣泛采用。利用高溫處理，雖對乳質多少有些影響，但可增強滅菌效果，這種方法稱為高溫滅菌，也就是在95℃以上加熱20分鐘。巴氏滅菌法除牛奶之外，也可應用于發酵產品。通常市場上出售的袋裝牛奶就是采用巴氏滅菌法生產的。工廠采來鮮牛奶，先進行低溫處理，然后用巴氏消毒法進行滅菌。用這種方法生產的袋裝牛奶通常可以保存較長時間。當然，具體的處理過程和工藝要復雜的多，不過總體原則就是這樣。
