殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的最適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。
工藝流程：巴氏殺菌機是是將溫度控制儀設定好PU值給轉化為各溫區水槽的實際控制溫度的曲線，在通過對于溫度的檢測精確的控制各溫區的溫度的變化。主傳動電機帶動上下兩層的輸瓶鏈網將物料一次的經過三個溫區的逐級的升溫預熱，和兩個溫區的殺菌以及三個溫區的逐級的降溫和冷卻的過程。
種類介紹：巴氏殺菌機不斷發展的過程中一些技術也在不斷進步，加熱降溫原理有壓縮機和水循環兩種，相比之下水循環要比壓縮機的效率高，且保留了牛奶的原味，逐步替代了壓縮機巴氏殺菌機，水循環巴氏殺菌機的類別在市面上有迷你型、簡易型、豪華型、柜式、酸奶鮮奶一體機等種類，隨著巴氏殺菌工藝的不斷發展，巴氏殺菌機的種類也在不斷的增加。
